Desde el 1 de junio de 2023, la facturación electrónica es una obligación activa para la mayoría de los contribuyentes en Colombia. Para 2026, todas las fases del calendario de implementación están completas, incluyendo la nómina electrónica y el Documento Soporte Electrónico (DSE), que ahora están plenamente en vigor bajo la Resolución 000042 de 2020. Estos cambios influyeron en los procesos administrativos en el sector de la salud.
Por un lado, seguir nuevos estándares es beneficioso para los profesionales de la salud debido a:
- Modernización del sistema tributario.
- Reducción de costos operativos debido a la eliminación del papeleo.
- Seguimiento más detallado de las operaciones comerciales.
- Rapidez.
Por otro lado, en el momento de facturar electrónicamente, los dueños de negocios médicos se encuentran con un proceso complejo y demandante. Es vital garantizar el cumplimiento de todos los requisitos y normativas y mantenerse actualizado sobre cambios.
Debido a esos desafíos, existe la necesidad de buscar herramientas que simplificarán el proceso: hojas de cálculo automatizadas, plantillas prediseñadas, software contable, entre otras. Además de la facturación, la DIAN exige cada vez más documentos como la nómina electrónica y el Documento Soporte Electrónico (DSE) para compras a no facturadores, algo muy común al adquirir insumos médicos.
En este artículo, presentamos 3 soluciones prácticas para ayudar a los profesionales de la salud a organizar ese documento electrónico de manera efectiva.
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Abrir descripción detallada >>Cómo habilitarse como facturador electrónico ante la DIAN
Para habilitarse como facturador electrónico ante la DIAN, siga estos pasos:
- Actualice su RUT en el portal de la DIAN para reflejar la actividad económica correcta y la responsabilidad de facturación electrónica.
- Solicite la resolución de numeración (rangos de numeración de facturas) a través del portal de la DIAN, indicando el prefijo y el rango que utilizará.
- Obtenga el certificado de firma digital con una entidad de certificación autorizada en Colombia, necesario para firmar electrónicamente cada documento.
- Configure su correo de recepción de facturas electrónicas ante la DIAN para recibir documentos de sus proveedores.
- Regístrese como facturador en el catálogo oficial de la DIAN y realice las pruebas de habilitación requeridas.
Nueva obligación tributaria: POS electrónico
El POS electrónico, conocido por la DIAN como documento equivalente electrónico, es un documento que se utiliza para registrar ventas en tiempo real con emisión de un ticket al final de la operación de pago. La obligación de emitirlo comenzó de forma escalonada en noviembre de 2024 y continúa su implementación se completó durante 2025, según el calendario establecido por la DIAN.
Todas las personas jurídicas y las personas naturales que sean responsables de IVA o de impuesto al consumo deben poder emitir este tipo de documento.
Una institución médica tiene la opción de emitir un documento equivalente electrónico (POS) o una factura electrónica de venta. Ambos sirven como soporte de costos fiscales. Sin embargo, cuando el valor de la operación supera las 5 UVT en una sola transacción, debe emitirse una factura electrónica de venta en lugar del POS. El ticket POS puede entregarse al paciente de forma física o electrónica, según el régimen de documento equivalente electrónico vigente.
Aunque no hay diferencia para los especialistas, los pacientes pueden necesitar una factura porque así los obliga su seguro médico. Esto significa que el paciente es quien puede elegir el tipo de documento fiscal a emitir.
Para los pacientes que atiende a través de plataformas de telemedicina tendría que emitir facturas electrónicas.
Según la Resolución 000042 de 2020, el documento tiene los mismos requisitos, incluso es más sencillo y solicita los 3 datos principales:
- El tipo de identificación + Número.
- Nombre de la persona o institución.
- Correo electrónico.
Al fin y al cabo, puede escoger el formato de la información fiscal que va a la DIAN.
Medesk le ayuda a automatizar la agenda y los registros médicos, lo cual le permite brindar el trato personalizado y prestar la máxima atención a cada paciente.
Saber más >>3 Tipos de software de facturación electrónica
Para emitir facturas electrónicas en Colombia, es indispensable contar con un registro único tributario actualizado en la DIAN.
También, para cumplir con las normativas, tendría que buscar herramientas adicionales para facturar electrónicamente sin equivocarse.
Aquí le presentamos las 3 opciones más convenientes para realizar el proceso de habilitación de facturas sin preocuparse por las normas de obligatoriedad.
#1. Software gratuito de la DIAN y Excel
El servicio de facturación gratuita DIAN es una plataforma oficial proporcionada por la Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales que permite a los contribuyentes emitir facturas electrónicas de forma gratuita. El software cumple con todos los requisitos legales y es fácil de usar.
Aunque la solución de DIAN tiene algunas limitaciones en cuanto a funcionalidades avanzadas y personalización, es totalmente gratuita y cumple con todos los requisitos legales.
El software propio de la DIAN le permite generar, recibir, consultar y descargar:
- Facturas.
- Notas débito.
- Notas crédito.
- Demás documentos equivalentes.
Adicionalmente, el profesional de la salud puede solicitar un certificado de firma digital a través de la plataforma.
Para poder utilizarlo, regístrese a través de la página oficial gov.co.
Puede acceder a la página de registros de facturas emitidas donde se ubica la información tributaria: fecha de emisión, importe total, número prefijo y NIT.
Puede abrir cualquier registro sin salir de la página y descargar la factura deseada en formato XML o PDF.
En cuanto a Excel, es útil únicamente para elaborar informes internos o auditorías fiscales una vez que haya descargado los archivos XML o PDF desde la DIAN. Excel no permite emitir facturas electrónicas válidas ante la DIAN. Su valor está en organizar y analizar datos ya generados por el sistema oficial.
#2. Programas de contabilidad
Muchos programas de contabilidad como Xero o QuickBooks ofrecen la opción de generar facturas electrónicas en línea.
Actualmente, en el mercado existen plataformas que combinan facturación electrónica, contabilidad y gestión de nóminas e inventario.
Si tiene un software médico implementado en su clínica y está buscando una solución separada, Capterra podría ser útil, ya que le propone opiniones objetivas sobre los software: rating, reseñas, características destacadas, tarifas, entre otros.
A la hora de elegir un programa de contabilidad para la administración de su negocio médico, preste atención a lo siguiente:
- Interfaz intuitiva y fácil para navegar.
- Integración con softwares médicos o de gestión de pacientes.
- Emisión de facturación electrónica, nómina electrónica y Documento Soporte Electrónico (DSE).
- Módulo de gestión de inventarios adaptado a medicamentos y suministros.
Un programa de contabilidad médica le liberará del estrés innecesario sobre el registro fiscal. La recepción de facturas sucede automáticamente, y casi todo software de facturación electrónica ofrece una biblioteca de plantillas prediseñadas de facturas, POS y nóminas.
Si está registrado como prestador de servicios de salud en la DIAN, es suficiente añadir la información requerida sobre el tipo de servicio que brinda y enviar la factura generada a la entidad. Recibirá recordatorios y notificaciones de la plataforma directamente en su perfil para no olvidar enviar reportes a entidades tributarias.
Cabe destacar que los softwares de contabilidad generales, aunque versátiles, presentan limitaciones significativas para las clínicas médicas. Sus funcionalidades estándar no suelen cubrir las necesidades específicas del sector, requiriendo la instalación de módulos adicionales.
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Explorar ahora >>#3. Software médico integral
Si bien las alternativas a un software médico especializado son poderosas para la gestión de datos, no están diseñadas específicamente para el sector médico.
Esto implica limitaciones de operaciones relacionadas con seguros médicos, reportes específicos, medicamentos, descuentos y ventas de paquetes de salud.
Un software especializado representa los siguientes beneficios:
- Estructura.
- Fórmulas para realizar cálculos automáticos (descuentos, IVA).
- Validación de datos.
- Conversión a formato XML.
- Firma digital para el archivo XML.
Los proveedores tecnológicos autorizados (PTA) aplican validación previa ante la DIAN antes de que la factura se emita, y generan de forma automática el Código Único de Factura Electrónica (CUFE) por cada transacción, eliminando errores manuales.
Una plataforma médica no solamente se encarga del lado financiero, sino también permite gestionar los registros médicos electrónicos, horarios de los médicos, reserva de citas, medicamentos y suministros y prescribir recetas electrónicamente.
Puede adjuntar facturas emitidas al historial médico del paciente y tener todos los datos sobre el proceso de tratamiento en un solo lugar.
Optar por un software todo en uno es una opción ideal por su conveniencia y bajo costo.
Hay proveedores que ofrecen tarifas razonables para varios tamaños de instituciones médicas. Al conseguir una plataforma de buena calidad de un proveedor tecnológico autorizado (PTA), no hará falta pagar por programas adicionales, lo cual le permitirá ahorrar el presupuesto. La DIAN valida cada factura generando un Código Único de Factura Electrónica (CUFE), lo cual se gestiona de manera automática al utilizar estos proveedores.
En el siguiente apartado exploraremos un software médico integral Medesk, con el rating 4,7 entre los dueños de centros médicos de América Latina.
Medesk: software médico aprobado por DIAN
Independientemente del tamaño de su clínica, Medesk ofrece una solución integral que abarca todos los aspectos administrativos, desde la gestión de pacientes hasta la facturación, optimizando sus procesos.
Como proveedor tecnológico autorizado, la plataforma cumple con todas las normativas colombianas de facturación, permitiendo emitir y recibir facturas electrónicas sin necesidad de un software adicional.
Profundicemos en los puntos más fuertes de la plataforma:
- Emisión de facturas digitales.
No tiene que completar el documento a mano: número de factura, fecha de emisión, NIT de emisor y receptor, etc.
Medesk simplifica el proceso de envío y no requiere abrir la web DIAN para enviar la factura. La puede enviar sin tener que salir del programa.
Reciba notificaciones instantáneas sobre la aceptación o rechazo de sus facturas directamente en la plataforma.
La plataforma asegura que todos sus registros cumplan con los requisitos de la DIAN de forma rápida, generando correctamente el Código Único de Factura Electrónica (CUFE) para cada transacción.
Se puede emitir la factura electrónica de venta al consumidor final, el cual está predeterminado en el software.
- Reportes y análisis de datos.
Medesk cuenta con una biblioteca de reportes avanzada e incluye 60 plantillas prediseñadas en formatos de tablas, diagramas o listas. Esto significa que no tiene que crear plantillas para generar informes desde cero, solo puede adaptar los reportes existentes para las necesidades de su clínica.
Además, es fácil recopilar la analítica, ya que los datos sobre los pacientes que atiende se guardan automáticamente en el sistema.
Por ejemplo, si desea generar un informe de ventas en este mes, puede configurar filtros y ver la cantidad de ingresos, servicios prestados, datos de pacientes atendidos, entre otros.
Así tendrá control del lado administrativo de su negocio en tiempo real.
- Generación de reportes RIPS.
El registro individual de prestaciones de salud es un sistema de información esencial para la gestión y seguimiento de los servicios de salud en el país.
Afortunadamente, la solución Medesk ha considerado las novedades judiciales en el sector médico y ha hecho el proceso más fácil para el usuario.
Reportes RIPS son el conjunto de datos estandarizados que recopilan información detallada que se brinda en Colombia. Cada vez que se brinda una atención en salud, se genera un registro en el RIPS.
En la interfaz de la plataforma, escoger codificación de reportes de acuerdo con el tipo de servicio que presta y enviar el informe generado directamente a la DIAN. No tiene que instalar programas adicionales para este tipo de operaciones.
- Seguridad y almacenamiento de documentos.
Lo último, pero no menos importante, es que los contribuyentes deben conservar las facturas electrónicas por un determinado periodo y estar en capacidad de suministrarlas a la DIAN cuando sea requerido.
El software Medesk es un lugar seguro para almacenamiento de todos los aspectos relacionados con el proceso de la atención médica. Puede acceder a facturas de los años pasados a través de la base electrónica, ya que los datos nunca se eliminan de la nube.
Cabe señalar que el proveedor tecnológico autorizado Medesk se encarga de todo el proceso de la facturación electrónica en muchas instituciones médicas en Perú, Argentina, Colombia y Ecuador.
Cualquier profesional de la salud de la región Latinoamérica puede acceder a una prueba gratuita de 2 semanas.
Puede registrarse en la plataforma ahora mismo y cancelar la suscripción sin ningún compromiso.
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Preguntas frecuentes (FAQ)
¿Es obligatorio facturar electrónicamente para médicos independientes?
Sí. Todos los profesionales de la salud que sean personas naturales responsables de IVA o del impuesto al consumo están obligados a facturar electrónicamente ante la DIAN. Solo ciertos regímenes especiales muy acotados quedan excluidos.
¿Se puede facturar electrónicamente gratis con la DIAN?
Sí. La DIAN ofrece su propio software de facturación gratuita que cumple con todos los requisitos legales. Además, Medesk cuenta con un plan gratuito permanente que incluye reservas en línea, portal del paciente y soporte, sin costo alguno.
¿Qué es el CUFE?
El CUFE (Código Único de Factura Electrónica) es el identificador que la DIAN asigna a cada factura electrónica para garantizar su autenticidad y trazabilidad. Los proveedores tecnológicos autorizados lo generan de forma automática con cada transacción.
¿Cuándo debo emitir factura de venta en vez de POS?
Cuando el valor de una operación supera las 5 UVT, debe emitir una factura electrónica de venta en lugar del documento equivalente electrónico (POS). También debe hacerlo cuando el paciente así lo solicite, por ejemplo, por exigencia de su aseguradora.
¿Quiénes están obligados a facturar electrónicamente en Colombia en 2026?
La obligación aplica para todas las personas jurídicas y las personas naturales responsables de IVA o del impuesto al consumo. Casi la totalidad de los prestadores de servicios de salud, desde clínicas grandes hasta consultorios independientes, deben cumplir con este requerimiento. Solo quedan excluidos algunos contribuyentes con regímenes especiales muy específicos.
